Wnosząc swoje uwagi do najnowszego projektu ustawy o obowiązkowych fakturach elektronicznych Konfederacja Lewiatan opowiedziała się za wprowadzenie zmian w prawie podatkowym pozwalających przedsiębiorcom na odliczenie kosztów wdrożenia Krajowego System e-Faktur od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych.
Zdaniem organizacji, można to osiągnąć np. poprzez rozszerzenie obecnej ulgi badawczo rozwojowej. Optymalnym rozwiązaniem byłaby możliwość odliczenia w wysokości 200% poniesionych kosztów (tak jak obecnie jest to przewidziane dla pracowników zatrudnionych do działalności badawczo-rozwojowej). Koszty powinny obejmować zarówno wydatki na zakup usług od zewnętrznych dostawców np. zakup usług informatycznych, licencji jak i koszty pracowników, poniesionych od momentu rozpoczęcia wdrożenia do momentu oddania nowej funkcjonalności/rozwiązania do używania tj. również za okresy sprzed wejścia w życie nowych przepisów dot. KSeF.
Postulat wprowadzenia ulgi podatkowej na wdrożenie KSeF został pozostawiony bez odpowiedzi podczas konsultacji publicznych, a jak podkreśla Konfederacja Lewiata – rząd zapewniał, że wprowadzone rozwiązania nie będą obciążały finansowo przedsiębiorców. Nie ulega jednak wątpliwości, że projekt stanowi jedno z największych wyzwań organizacyjnych w sferze podatkowej w ostatnich latach. Koszty wdrożenia obowiązkowego systemu będą szczególnie wysokie w przypadku większych podmiotów obsługujących dużą liczbę klientów regularnie fakturowanych i oferujących różne produkty. Konfederacja Lewiatan zwróciła uwagę, że obecnie nie istnieją żadne propozycje systemowego wsparcia dla przedsiębiorców, którzy będą objęci nowym obowiązkiem. Pokrycie wydatków na wdrożenie faktur ustrukturyzowanych z innych źródeł np. z funduszy unijnych nie jest możliwe.